К освоению программ подготовки научно-педагогических кадров в аспирантуре допускаются лица, имеющее образование не ниже высшего образования - специалитет, магистратура. Прием граждан на обучение по программам подготовки научно-педагогических кадров в аспирантуре осуществляется на конкурсной основе, если иное не предусмотрено Федеральным законом «Об образовании в Российской Федерации». Прием на обучение по программам подготовки научно-педагогических кадров в аспирантуре проводится по результатам вступительных испытаний. Подготовка аспирантов по очной форме обучения за счет бюджетных ассигнований федерального бюджета осуществляется в пределах установленных контрольных цифр приема. В рамках контрольных цифр приема выделяется квота целевого приема на обучение.

Наличие аспирантуры позволяет использовать в Центре такую форму подготовки, как соискательство.

На базе ФГБОУ ВО «Орловский государственный аграрный университет им. Н.В. Парахина» (согласно Порядка прикрепления лиц для сдачи кандидатских экзаменов и их переченя в ФГБОУ ВО Орловский ГАУ им. Н.В. Парахина) аспиранты ФНЦ ЗБК проходят подготовку для сдачи кандидатских экзаменов по истории и философии науки, иностранному языку.

Научное руководство аспирантами и соискателями осуществляют видные учёные Центра, доктора наук и профессора: В.И. Зотиков, А.Н. Зеленов, С.Н. Агаркова, А.Н. Фесенко, Е.В. Головина и кандидаты наук В.С. Сидоренко, Г.Н. Суворова, Г.А. Бударина.

В настоящее время в ФНЦ ЗБК работают кандидаты наук, окончившие аспирантуру в разные годы и состоявшиеся как высококвалифицированные специалисты в своих областях знаний. Среди них заведующие лабораториями: генетики и биотехнологии – Г.Н. Суворова; физиологии и биохимии растений – С.В. Бобков; ведущие научные сотрудники – М.П. Мирошникова, А.И. Зайцева, А.С. Акулов, Г.В. Соболева, А.И. Котляр и другие.

В последние годы ряды работников науки пополнились за счёт перспективной научной молодёжи, прошедшей аспирантскую подготовку и успешно защитившие кандидатские диссертации. Среди них: Иконников А.В., Кирюхин С.В., Зеленов А.А., Ятчук П.В. и др.

Подготовка научных кадров находится под контролем Учёного совета и дирекции Центра.